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来自古代狼的基因转录本经过14000年的永久冻土分析

RNA - 基因的短命记录 - 来自“Tumat小狗”,一种更新世时代的狼已被孤立,其序列在哥本哈根大学的Oliver Smith及其同事的一项新研究中进行了分析。 30在开放获取期刊PLOS Biology中。结果确定了从古代生物体检查一系列RNA转录物的可能性,由于RNA寿命短,以前认为这种可能性极小。

已知编码基因“硬拷贝”的DNA在有利条件下存活数千年。但RNA - 一种基因的短命工作拷贝,由细胞中的DNA转录并形成制造蛋白质的指令 - 通过一套回收酶在活组织中迅速分解。这种不稳定性通常会在死后继续存在,正因为如此,研究人员普遍认为,发现完整的古细胞RNA补体 - 其转录组 - 的可能性非常小。但是有一些例外,主要是在植物中,这导致作者询问是否可能存在保存良好的古老动物转录组以进行测序。

他们分离,从14,300岁的犬科动物,可能是狼或部分驯化的狼一样的动物,已被保存在永久冻土西伯利亚直到它的发现,以及组织的肝组织由两个19世纪和20th-分析RNA世纪狼比较。利用各种转录组学技术和质量控制措施,该团队表明,从更新世时代的序列中测序的RNA确实代表了动物的RNA,许多肝脏特异性转录本与狼和狗的更现代样本相匹配。

西伯利亚犬的转录组是迄今为止测序最早的RNA,超过了下一个最古老的转录组至少13,000年。作者指出,与古基因组学不同,古代转录组学不太可能成为常规,因为即使在最佳条件下,RNA也不如DNA保存完好。

尽管如此,可能存在大量其他自然冷冻的标本,其中可以破译转录组,不仅为研究人员开放了古代生物的基因,而且还为转录组编码的细胞活动通量开放。

史密斯博士说:“古代DNA研究人员以前不愿意尝试对古老的RNA进行测序,因为它通常比DNA更不稳定,更容易发生酶促降解。”“然而,在我们最近在从植物材料中测序古代RNA的成功之后,我们推测保存完好的动物标本,冻结在永久冻土中,可能保留足够的材料来排序。令我们高兴的是,我们发现我们不仅找到了来自各种组织的RNA,但在某些情况下,信号非常强,我们可以通过生物学意义的方式区分组织。

“知道RNA作为DNA和蛋白质之间的中介,两者都更稳定,可能很容易问,'那又怎样?'。但我们认为古代RNA的未来具有巨大的潜力。例如,许多今天临床上最相关的病毒都有RNA基因组,而RNA阶段通常对于理解基因调控的复杂性和复杂性至关重要。这可能会在讨论驱动进化的环境压力和菌株时产生影响。

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